Вскоре патриарх Захария скончался и место его занял Модест, славный настоятель монастыря св. Феодосия. Немногие годы его патриаршества были им употреблены для уврачевания ран, нанесенных Иерусалиму и Святой Земле нашествием персов. Кроме упомянутых выше базилик ему удалось восстановить церковь над гробницей Пресвятой Девы, Ее базилику созданную Юстинианом, и выстроить у входа в пещеру Мамилла, послужившую могилой жертвам нашествия церковь, известную потом под названием Логовища льва. По его кротким управлением заселились вновь иноческие обители, восстановилось прежнее богослужение и оживились в монастырях ученые и богословские занятия. Один из иноков монастыря Анастасия составил жизнеописание Анастасия Персиянина, мученическая кончина которого только что прославила монастырь; другой инок, вдохновленный возвращением Животворящего Креста, описал первоначальное обретение Его св. Еленой; наконец, известный уже нам инок Софроний, вернувшись в монастырь св. Феодосия с мощами св. Иоанна Милостивого составил по древним рукописям жизнеописание св. Марии Египетской и оплакал в увлекательных одах опустошение персов, прославляя вместе с тем возрождение Иерусалима. Он же, по просьбе патриарха, восстановил рукопись и по сохранившимся преданиям типик св. Саввы.

 

Но Софроний недолго наслаждался тихой монастырской жизнью, необходимой для монастырских занятий. Кир Александрийский предлагал присоединить к церкви феодосийцев евтихианскую секту, образовавшуюся при Петре Гнавефее, под условием, если они признают в Иисусе Христе два естества и одну волю. Это учение возобновляло в новой форме ересь Евтихия, т.е. смешение божественного и человеческого естества Иисуса Христа в одну смешанную и сложную сущность, и было придумано несколько лет тому назад Феодором епископом Фаранским, к которому вскоре присоединился Сергий Константинопольский, Кир, тогда Фазийский епископ, и Афанасий, глава Азиатских иаковитов. Ираклий, прельщенный их доводами, возвел Кира на Александрийский и Афанасия на Антиохийские престолы и ересь глухо и незаметно стала распространяться по всему Востоку.

 

Быстрое согласие феодосийцев на условия Кира возбудило подозрение Софрония, который поспешил в Александрию, где еще была память о нем. Патриарх, льстя себя надеждой привлечь на свою сторону столь славного союзника, представил ему соединительную грамоту, витиеватый слог которой искусно обходил основное положение ереси. Софроний, прочитав ее, бросился к ногам патриарха с мольбой уничтожить отличие, возобновляющее ересь Евтихия и предававшее Александрийскую церковь в руки  еретиков. Но патриарх не послушал его и несколько дней спустя подписал соединительную грамоту. Тогда Софроний отправился в Константинополь, разоблачил патриарху Сергию Александрийское еретическое соглашение и умолял его употребить свое влияние для ее уничтожения. Сергий, тайный приверженец тех же учений, начал упрекать Софрония в желании смутить церковь. С сокрушенным сердцем вернулся Софроний в Иерусалим. Здесь они узнали о кончине Модеста и о единогласном избрании своем на Иерусалимский престол.

 

Новый патриарх немедленно созвал Палестинских епископов и иноков, осудил новую секту монофелитов и отправил Константинопольскому патриарху синодальное послание, извещая его о своем вошествии и о постановлении епископов. Это послание, в котором великий богослов разоблачает ереси Нестория и Евтихия, может служить образцом догматики для разрешения вопроса о божественности Иисуса Христа. Софроний оканчивало послание просьбой молитв Сергия и Константинопольского клира для отвращения нашествия сарацин, более многочисленного и упорного, чем все предыдущие. Константинопольский патриарх не ответил ему, но не написал немедленно папе Гонорию послание, в котором жаловался на Софрония, отказавшегося будто бы довершить мир церкви незначительной уступкой в словах неимевших никакого значения с догматической точки зрения. Гонорий осыпал похвалами Константинопольского патриарха, осудил сопротивление Софрония и выразился в ответном послании по поводу вопроса о двух волях Иисуса Христа в выражениях, неясность которых указывала на полное понимание им вопроса. Он не более уяснил себе его по получении синодального послания Иерусалимского патриарха и думал разрешить спор, предложив ему и Константинопольскому патриарху сохранить молчание. Софроний и не замолчал и когда Сергий упрекнул его в том, что он для доказательства справедливости своих воззрений не приведет ни одного священного текста, Софроний отвечает сборником шестисот текстов, извлеченных им из Священного Писания и творений отцов церкви, начиная с евангелия и кончая современным ему сочинениями св. Фульгенция и Анастасия Синаита. Перед этим сборником впоследствии преклонился Латеранский собор.

 

Но среди этих догматических трудов, Софроний не упускал из вида совершавшиеся вокруг него политические события и указывал, как мы видели выше, на надвигающуюся на Палестину новую грозу и, в виду ее, не переставал, насколько средства ему позволяли, исправлять и вооружать Иерусалимские стены.