Почти одновременно с Национальной Чехословацкой Церковью (переименованной позднее в Чехословацкую Гуситскую Церковь) в Праге была основана «Чешская православная община» (преобразованная в 1920 г. из «Православной беседы»), которая в марте 1921 г. признала юрисдикцию Сербского Патриархата. Эту общину с 1921 г. возглавлял архимандрит Савватий (Антонин Врабец) – чех, длительное время служивший в России. После окончания Уфимской Духовной семинарии и Киевской Духовной Академии он проводил миссионерскую работу на Волыни, в 1919 г. был награжден грамотой Свят. Патриарха Тихона и затем служил ректором Холмской и Кременецкой Духовных семинарий. После отказа Сербского Синода хиротонисать о. Савватия во епископа, архимандрит отправился в Стамбул, где 4 марта 1923 г. был хиротонисан Константинопольским Патриархом Мелетием IV во епископа и в тот же день утвержден архиепископом Пражским и всея Чехословакии.

Таким образом, в стране были созданы две церковные юрисдикции, к которым принадлежали православные чехи – Сербской и Константинопольской Церквей. После заключения в 1924 г. правительствами Чехословакии и Югославии договора, решившего вопрос в пользу юрисдикции Сербского Патриархата, почти вся православная паства перешла под омофор еп. Горазда, у архиеп. Савватия осталась лишь один небольшой приход в Праге и несколько общин в Закарпатской Руси. В 1929 г. Владыка Горазд завершил организацию своей епархии, добившись признания чехословацким правительством Православной Церкви в Чехии и Моравии в качестве юридической организации с утверждением ее устава.

К этому времени епископ уже провел большую миссионерскую работу, уделяя особое внимание созданию собственных храмов православных приходов. В 1923 г. началась постройка первой православной церкви в Худобине, затем в Штепанове. В 1930 г. был освящен храм в Дольних Коубинах, в 1931 г. – в г. Брно и т.д. Большая заслуга в создании этих церквей принадлежала протоиерею Всеволоду Коломацкому (впоследствии архимандриту Андрею). По приглашению еп. Горазда он безвозмездно построил несколько храмов в русском стиле и соорудил для них иконостасы.

Сам Владыка трудился над переводами богослужебных книг, написал «Жития святых», «Катехизис», «Оправдание православной веры в спорах с другими христианами, не только с католиками» и другие книги, неустанно совершал богослужения, проповедовал, обучал основам православной веры, ввел в церковную практику оригинальное обиходное пение, взяв за основу русское пение, и, использовав местные музыкальные традиции. Епископом была издана фундаментальная литургическая книга «Народный сборник молитв и богослужебных песнопений Православной Церкви». На заседании Синода в 1926 г. Патриарх Димитрий от имени Сербской Церкви выразил еп. Горазду полное доверие и поблагодарил Владыку и его сподвижников за непрекращающуюся миссионерскую работу. Согласно переписи 1930 г. в Чехии уже насчитывалось 14828 православных, а в Моравии и Чешской Силезии – 9695 (кроме того, в Словакии – 9073 и в Закарпатье – 111969).

В 1935 г. удалось приобрести бывший католический храм в Праге на Рессловой улице, который после приспособления к православному обряду и освящения во имя свв. Кирилла и Мефодия стал кафедральным собором еп. Горазда. Не прекращалось и строительство новых церквей: в Вилемове, Иозефове, Опатове, Ржимицах. В 1938 г. замечательный храм был возведен и освящен во имя свт. Горазда в г. Оломоуце (Моравия). Всего к началу II Мировой войны в Чехии и Моравии было построено 10 новых православных церквей и 2 часовни. Называемый верующими «народным апостолом» еп. Горазд еще до начала войны со своей кафедры резко выступил против нацистской расовой теории и шовинизма. С христианской точки зрения он доказывал равенство всех людей перед Богом.

Осенью 1938 г., когда нависла угроза над Чехословакией, Владыка Горазд разослал различным православным иерархам прочувственное пастырское послание, в котором отождествлял свои интересы с интересами и страданиями народа. В этом достойном и прекрасном обращении, - как оценил его Румынский Патриарх Мирон, - епископ протестовал против несправедливости, которую терпела его родина от немецкой диктатуры. 15 марта 1939 г. Чехия была оккупирована германскими войсками и фактически превращена в колонию Рейха – его Протекторат Богемии и Моравии, управляемый немецким протектором (Словакия объявила себя независимой, а Закарпатье было захвачено Венгрией).

Еп. Горазд и в этих условиях старался воодушевлять свою паству, воспитывая в ней любовь к родине. Он снова обратился с посланием к предстоятелям Поместных Православных церквей, в котором описал тяжелое положение оккупированной страны. Епископ верил, что правда победит. В пасхальном послании 1941 г. Владыка писал: «Вручая милостивому Богу судьбу человечества и нашу судьбу, надеемся на Его справедливость, которая победит навеки».

Не желая примириться с германской оккупацией, еп. Горазд подготовил обширный труд о церковно-политическом развитии чешского и словацкого народов и истории их государства, в котором содержалась научная критика нацистской идеологии и уверенность в поражении Германии: «Если справедливость должна победить, - в чем я нисколько не сомневаюсь, - то я убежден, что победа последует за Советским Союзом, на который вероломно, ни за что напала гитлеровская Германия… Мы должны что-то делать; наш народ должен доказать, что любит свою родину не только на словах, но и на деле… по тому, как мы отнесемся к данному положению, будут судить нас наши же люди после победного окончания войны. Весь наш народ борется не на жизнь, а на смерть, равным образом как русский, сербский другие народы. Пусть будет, что будет, но мы не можем отстать от начатой справедливой борьбы».

До разгрома и оккупации Югославии в апреле 1941 г. еп. Горазд подчинялся Священному Синоду Сербской Церкви. К этому времени его епархия состояла из 20 общин, имевших 11 церквей и 9 богослужебных мест; 21 священник и их архипастырь окормляли около 25 тыс. верующих. Последним – в марта 1941 г. был образован приход в Градце Кралове в Восточной Чехии. 16 марта первое богослужение в новом храме совершил свящ. Вацлав Чикл, в приходской совет вошли 4 русских эмигранта.

28 мая 1941 г. Владыка Горазд обратился к находившемуся в юрисдикции РПЦЗ архиепископу Берлинскому и Германскому Серафиму (Ляде) с прошением о том, чтобы он принял Чешскую и Моравскую епархию «под свою архипастырскую опеку, заботу и защиту, как в церковном, так и в государственно-политическом отношениях». Оккупация Югославии сделала невозможными существовавшие прежде церковные связи, и решение еп. Горазда являлось его собственной инициативой.

Как видно из интервью одного из членов Синода Сербской Церкви германским журналистам 11 сентября 1941 г., он тогда принципиально не возражал против подчинения епархии архиеп. Серафиму, но выражал сомнение, что это в германских интересах: «Если бы Немецкая Православная Церковь была автокефальной, то у Чешской Православной Церкви была бы возможность объединиться с автокефальной Немецкой Церковью… Если германское государство не учредит автокефальную Православную Церковь при жизни архиепископа Серафима, то еще не известно, каким образом это сможет произойти после его смерти, и какую позицию займет Русская Православная Церковь». Местные власти также не были против перехода, о чем имперский протектор Богемии и Моравии написал 11 сентября премьер-министру в Праге. Окончательное решение вопроса состоялось через два месяца, 21 ноября Рейхсминистерство церковных дел известило об этом германский МИД.

В дальнейшем было выработано приложение к уставу 1929 г., согласно которому Чешская епархия присоединялась к Берлинской. Утвержденный 4 марта 1942 г. Министерством образования и народного просвещения документ гласил: «Права, которые в соответствии с Уставом Чешской православной епархии принадлежат Его Святейшеству Сербскому Патриарху, Архиерейскому Собору и Священному Синоду Сербской Православной Церкви, принадлежат на время действия настоящего приложения православному епископу Берлинскому и Германскому – преосвященному архиепископу Серафиму… Действие этого приложения прекратится, когда будет определенно решен вопрос юрисдикции православной епархии в Чехии и Моравии».

Еще 7 октября 1941 г., во время их встречи в Праге, архиеп. Серафим сказал еп. Горазду, что он взял Чешскую епархию под свое покровительство до конца войны, также как и Православную Церковь в Словакии. Владыка Горазд сразу же установил тесную связь с Берлинским архиепископом, несколько раз приезжал в Берлин, служил в местном русском соборе и даже участвовал там 14 июня 1942 г. в хиротонии епископа Потсдамского Филиппа (Гарднера). В свою очередь Владыка Серафим оказывал разнообразную помощь Чешской епархии.

После создания постановлением Архиерейского Синода РПЦЗ от 26 мая 1942 г. Средне-Европейского митрополичьего округа (во главе с возведенным в сан митрополита Владыкой Серафимом), в состав которого вошли и приходы Чешской епархии, руководство Сербской Церкви проявило по этому поводу заметное беспокойство. 3 июля председатель ее Синода митр. Иосиф в письме первоиерарху РПЦЗ митр. Анастасию выразил просьбу: иметь ввиду права Сербского Патриархата на Чешскую и Моравскую епархию, отметив, что сербская юрисдикция не должна быть повреждена в новообразованном митрополичьем округе. В ответе Владыки Анастасия от 11 июля говорилось, что Архиерейский Синод РПЦЗ не рассматривает епархию еп. Горазда в качестве составной части Средне-Европейского округа, и сербская юрисдикция над ней сохраняется, хотя епископ и подчиняется временно митр. Серафиму.

На соответствующее послание митр. Анастасия Владыка Серафим 12 августа 1942 г. сообщил, что на Чешскую и Моравскую епархию он никогда не покушался: «Инициатива в этом деле исходила от епископа Горазда, который, принимая во внимание тяжелое положение своей епархии, просил меня взять его и его епархию под мое покровительство впредь до восстановления нормальных сношений с Свящ. Синодом Сербской Православной Церкви. Входя в чрезвычайно трудное и сложное положение епископа Горазда, я дал свое согласие. Все мое покровительство заключалось в том, что я предоставил в распоряжение епископа Горазда Св. Миро и Св. Антиминсы, в которых он нуждался, да и укрепил пошатнувшееся его положение в протекторате».

Ко времени ответа митр. Серафима епархия еп. Горазда уже фактически перестала существовать, эта трагедия была связана с участием православного духовенства в одном из самых значительных событий чешского сопротивления нацистской оккупации. 27 мая 1942 г. заброшенные из Великобритании чехословацкие парашютисты смертельно ранили имперского протектора Богемии и Моравии обергруппенфюрера СС Рейнгарда Гейдриха – одного из высших чиновников III Рейха, возглавлявшего также Главное управление имперской безопасности.

С просьбой укрыть покушавшихся представители пражского подполья сначала обратились к настоятелю католического Страговского монастыря, но получили категорический отказ. Спрятать семь парашютистов согласилось православное духовенство. Младший священник кафедрального пражского собора свв. Кирилла и Мефодия доктор Владимир Петржек с ведома настоятеля храма протоиерея Вацлава Чикла и председателя церковного совета Яна Соннавенды предоставил 30 мая борцам сопротивления убежище в крипте собора. Я. Соннавенды также отыскал врача для раненого осколком бомбы одного из покушавшихся.

Узнав об этом, Владыка Горазд одобрил действия своего духовенства, но был очень обеспокоен, понимая, что если нацисты раскроют тайник, то вся Чешская Православная Церковь подвергнется репрессиям. Перед отъездом 11 июня в Берлин, куда его пригласил митр. Серафим для участия в хиротонии епископа Филиппа (Гарднера), еп. Горазд просил, чтобы парашютисты были как можно скорее переправлены в другое убежище.

Покушение на Гейдриха стало поводом для массовых казней невинных, в течение пяти недель погибло 1357 человек. Новый протектор Курт Далюге объявил вознаграждение в 10 млн. крон тому, кто укажет место нахождения диверсантов. Через одного из парашютистов, лично не участвовавшего в покушении, гестапо удалось найти убежище. Утром 18 июня к собору прибыли 400 эсесовцев, около двух часов продолжался неравный бой, в котором все парашютисты погибли. Укрывавшие их священники были арестованы еще до штурма.

Об этих трагических событиях еп. Горазд узнал во время богослужения в берлинском русском соборе. Доктор И. Никиташин в своих воспоминаниях о Владыке Сергии (Королеве) писал: «Во время малого входа к епископу Горазду на кафедру подходит кто-то в штатском и передает записку. Епископ Горазд зашатался, страшно побледнел, спустился с кафедры и ушел в алтарь. Владыка стоял рядом. «Пойди, мальчик, может быть, надо помочь», - говорит, наклоняясь ко мне, Владыка. (Тогда я уже был хирургом). Прошел в алтарь. Епископ Горазд лежит на чем-то, как бы на кушетке… Разоблачился, но не ушел из алтаря. Как мы потом узнали, в записке епископу Горазду сообщали, что в его храме на Рессловой улице нашли скрывавшихся в нем чехов-парашютистов, убивших рейхспротектора Гейдриха».

Владыка Горазд не пытался спасти свою жизнь, а во имя спасения Чешской Церкви, взял всю ответственность на себя. 19 июня он послал протектору и членам правительства протектората письмо, в котором писал: «Я предаю себя в распоряжение подлежащих властей и готов понести любое наказание, вплоть до смертной казни». 26 июня еп. Горазд был арестован и после двух месяцев допросов и пыток 3 сентября вместе с прот. В. Чиклом, свящ. В. Петржеком и Я. Соннавенды приговорен военным судом к смертной казни. 4 сентября 1942 г. Владыка и еще два осужденных были расстреляны, на следующий день расстреляли о. В. Петржека.

Немецкая пресса, сообщая о казни осужденных, отмечала: «Особенно отвратительную роль играл епископ Чешской Православной Церкви Горазд. Прекрасно зная, что убийцы спрятались в его церкви, он поехал в Берлин к митрополиту Серафиму, юрисдикции которого Чешская Православная Церковь подчинилась из соображений осторожности».

Правительство Чехословакии высоко оценило патриотический подвиг еп. Горазда и других представителей Чешской Православной Церкви, наградив их посмертно 28 октября 1945 г. военным крестом «В память». Именем Владыки Горазда были названы площади и улицы в Праге, Брно, Оломоуце и других городах. В 1962 г. состоялась канонизация епископа в Сербской Православной Церкви, а в 1988 г. – в Чехословацкой Православной Церкви.

Митр. Серафим (Ляде) старался смягчить удары, обрушившиеся на чешское духовенство его округа, и по некоторым сведениям даже вступился в защиту еп. Горазда. В середине июля митрополит, пытаясь спасти православные приходы Чехии от ликвидации, направил запрос правительству протектората, но он остался без ответа.

После штурма собора свв. Кирилла и Мефодия гестапо арестовало по обвинению в помощи парашютистам еще 253 человека, в том числе 9 членов руководящих органов Чешской Православной Церкви. Всех их отправили в концлагерь Маутхаузен, с сопроводительными документами, в которых было написано: «Возвращение нежелательно».

Декретом имперского протектора от 26 сентября 1942 г. та часть Православной Церкви протектората, которую возглавлял еп. Горазд, была запрещена, ее храмы закрыты и разграблены, имущество конфисковано в пользу Рейха, все священники и многие миряне отправлены в концлагерь или на принудительные работы. Нацистское руководство запретило какую-либо деятельность Чешской Православной Церкви под угрозой смерти. В течении двух с половиной лет, до конца войны верующие остались без легальных богослужений, все православные были зарегистрированы, как неблагонадежные люди.

Из записи застольных бесед Гитлера в ставке верховного командования видно, что события в Праге глубоко поразили его, и, вероятно, фюрер был лично причастен к проведению репрессий против православных священнослужителей. 4 июля 1942 г., говоря об антигосударственных поступках Церкви, Гитлер с возмущением заявил: «Достаточно вспомнить о тесном сотрудничестве церкви с убийцами Гейдриха. Они не только предоставили убежище в одном из храмов в предместье Праги, но и дали им, а также пробравшемуся к ним священнику, возможность хорошенько подготовиться в этом храме за алтарем к защите».

Впрочем, в оккупированной Чехии гонениям подвергались почти все религиозные конфессии. Всего в протекторате были заключены в тюрьму или отправлены в концлагерь 371 священник. Из содержавшихся в концлагере Дахау 2720 священнослужителей и монахов различных стран 109 являлись чехами и словаками, 24 из них скончались в заключении. Летом 1942 г. был арестован и по обвинению в укрывательстве евреев отправлен в Дахау и архиепископ Пражский Савватий (Врабец). Владыка выжил в лагере, и после освобождения в 1945 г. проживал в Праге (он скончался в ноябре 1959 г.).

Узнав из сообщений прессы о расстреле еп. Горазда, руководство Сербской Православной Церкви пыталось облегчить положение оставшихся без архиерея чешских общин. 26 сентября 1942 г. ее Священный Синод постановил просить министра-президента Недича получить разрешение немецких властей на предоставление Синоду права взять на себя окормление и административное управление Богемско-Моравской епархией. Однако вскоре стало известно о разгроме Православной Церкви в протекторате, и Синод, не имея никаких возможностей оказать влияние на ситуацию, лишь запрашивал информацию о положении дел в ликвидированной епархии: 3 декабря 1942 г. у первоиерарха РПЦЗ митр. Анастасия и 18 марта 1943 г. у министра образования Сербии.

Эта информация свидетельствовала, что чешских православных общин больше не существует, хотя в подполье они сохранились. Одна из таких общин существовала в Праге. Престарелый архимандрит Андрей (Коломацкий) смог по состоянию здоровья вернуться с принудительных работ в столицу Чехии, и, не смотря на серьезную опасность, при участии верующих совершал тайные богослужения в частном доме своего прихожанина Шембера; здесь же проводились крещения, венчания и отпевания.

Один из православных чехов позднее писал: «Вера осиротевшей без своего епископа паствы в помощь Божию как бы ослепила очи врагов, так что они не сумели обнаружить верующих, пребывающих в молитве со своим пастырем о даровании победы над поработителями народа. Горячие молитвы тысяч сердец были услышаны, и надежды их сбылись. Слава Богу, не нашлось и предателя среди пребывавших в общей молитве».

Вскоре после освобождения Праги в мае 1945 г. пустовавший и разгромленный собор свв. Кирилла и Мефодия был отремонтирован и вновь возрожден как православный храм и музей воинской славы. С возвращением священников из концлагерей в ряде церквей вновь начали совершаться богослужения. Была возобновлена церковная печать, первые статьи которой посвятили памяти жертв нацизма, прежде всего мученику епископу Горазда.

Однако возрождавшаяся Чешская Церковь не имела своего архиерея, в связи с чем епархиальный совет в июне 1945 г. обратился с просьбой прислать епископа к Сербской Церкви – Матери. Священный Синод ответил, что сделает все возможное для удовлетворения этой просьбы, однако обескровленный в годы войны Сербский Патриархат сам испытывал острый недостаток архиереев. Более полугода прошли в безрезультатных поисках кандидата во епископа.

27 июля состоялся прием представителей Чешской епархии президентом страны Э. Бенешем, который в беседе заметил, что помощь великой восточной Русской Церкви была бы не только возможна, но и желательна. Президент также сказал, что главной целью усилий Чешской Православной Церкви должна быть скорая самостоятельность (автокефалия).

15 октября 1945 г. в Прагу прибыл из Москвы архиепископ Орловский и Брянский Фотий. После беседы с ним, представители чешских общин на епархиальном собрании 8 ноября 1945 г. в г. Оломоуце решили просить принять их в юрисдикцию Московского Патриархата. Вслед за этим православное духовенство Чехии подало соответствующее прошение Святейшему Патриарху Алексию, а Сербскому Синоду – просьбу о разрешении выхода из его юрисдикции.

Вскоре – 26 ноября в Прагу приехал сербский епископ Мукачевско-Пряшевский Владимир (Раич). На собрании духовенства и мирян Владыка заявил, что прибыл помочь Чешской епархии, как она и просила ранее. Его попросили рукоположить несколько священников и диаконов, но при этом разъяснили причины решения о перемене юрисдикции. Сербский Священный Синод в послании от 19 декабря 1945 г. выразил возражения против решения епархиального собрания, посчитав изменение юрисдикции канонически неправильным.

В результате переговоров Архиерейский Собор Сербской Церкви определением от 19-20 марта 1946 г. дал согласие на то, чтобы Московский Патриарх Алексий I направил епископа Русской Православной Церкви для временного возглавления Чешской епархии. В апреле главой учрежденного в Чехословакии экзархата Русской Церкви с титулом архиепископа Пражского и Чешского был назначен епископ Ростовский и Таганрогский Елевферий (Воронцов). Окончательно Сербская Православная Церковь отпустила Чешскую епархию в юрисдикцию Московского Патриархата решением своего Архиерейского Собора от 15 мая 1948 г.

Кроме епархии еп. Горазда и общин архиеп. Савватия к началу II Мировой войны на территории Чехословакии существовало и несколько русских православных приходов. Уже к концу гражданской войны в России Прага стала одним из главных центров русской эмиграции. Именно здесь в ноябре 1919 г. возникла первая студенческая эмигрантская организация – «Союз русских студентов в Чехословакии».

После эвакуации белых войск и беженцев из Крыма в Константинополь оттуда по особому набору в Чехословакию было переправлено 5 тыс. русских студентов и около 1,5 тыс. представителей интеллигенции. В результате в Праге возникло множество русских культурно-общественных и учебных организаций: Коммерческий и Кооперативный институты, Русский профессорский дом, Народный университет, Русский юридический факультет, Кондаковский семинар по изучению древне-церковного искусства Православного Востока, русская гимназия с преподаванием Закона Божия и др. В 1922-1923 гг. поддержкой правительства Чехословакии пользовались 4464 русских и 1990 украинских студентов.

Именно Прага наряду с Парижем стала важнейшим центром Русского христианского студенческого движения (РСХД), возникшего по инициативе протоиерея В. Зеньковского. Уже в 1920-1921 гг. в Чехословакии возникли «Христианское общество русских студентов» и «Русский христианский кружок». В 1923 г. в Пряшеве состоялся русский зарубежный студенческий съезд, принявший решение об организации РСХД, и в дальнейшем в Чехословакии проходили ежегодные летние съезды участников движения.

Возникшие в Чехословакии русские православные общины (кроме монастыря прп. Иова в Словакии) подчинялись митрополиту Евлогию (Георгиевскому), до 1930 г. состоявшему в юрисдикции Московского Патриархата, а затем перешедшему в Константинопольскую Церковь. Непосредственно эти общины окормлял епископ Бельский Сергий (Аркадий Дмитриевич Королев). За отказ признать автокефалию Польской Православной Церкви он был в 1922 г. арестован, выслан из Польши в Чехословакию.

Узнав об этом, митр. Евлогий назначил еп. Сергия своим викарием и настоятелем старинного собора свт. Николая на Староместской площади Праги, который к тому времени уже был передан православной общине. В самом начале служения здесь еп. Сергию пришлось выдержать тяжелую борьбу с архиеп. Савватием, так как чехословацкое правительство предоставило храм свт. Николая в общее пользование русского прихода и Владыки Савватия. Однако эта ситуация продолжалась лишь до 1924 г., когда православных чехов возглавил еп. Горазд, и собор полностью перешел к русской общине.

Стараниями еп. Сергия в 1924-1925 гг. была построена каменная церковь Успения Божией Матери на русском участке пражского кладбища в Ольшанах. 22 ноября 1925 г. ее освятил митр. Евлогий. С августа 1926 г. Успенская церковь была предоставлена на некоторое время для богослужений еп. Горазду, при этом русский хор пел по-чешски. Позднее еп. Сергий создал и третью русскую церковь в Праге – домовый храм свт. Николая на Рузвельтовой улице. В центре города для Владыки была снята большая квартира, так называемое Николаевское подворье. После богослужений в соборе там собирались прихожане на общие трапезы и для общения с духовенством. По вечерам еп. Сергий читал там акафисты и вел духовные беседы.

Кроме храмов Праги в ведении Владыки Сергия находились православные приходы в Брно (где проживало много русских студентов), Братиславе и позднее – в Нитре. Настоятелем храма в Брно служил чех из Волыни священник Алексий Ванек. Митр. Евлогий отозвался о нем так: «О. Ванек – очень хороший «батюшка», горячо преданный Православию. Чистоту Православия он блюдет строго и в отношении к церковной дисциплине не допускает послаблений или новшеств».

Стараниями русских эмигрантов, главным образом студентов, были устроены домовые церкви и в других городах Чехословакии: Пильзне, Градце Кралове, Пшимбране и т.д. Еп. Сергию было поручено наблюдение и за построенными до революции русскими курортными храмами в Карловых Варах (Карлсбаде), Франтишковых Лазнях (Франценсбаде) и Марианских Лазнях (Мариенбаде), где богослужения совершались только в летний сезон.

Долгое время еп. Сергий был единственным русским священнослужителем в Праге и сам совершал все требы. Только в 1928 г. у него появился ближайший друг и помощник – иеромонах, а затем архимандрит Исаакий (Иван Васильевич Виноградов). Служивший в годы гражданской войны штабс-капитаном в белой армии, он в 1927 г. окончил Свято-Сергиевский Богословский институт в Париже и был направлен митр. Евлогием в Прагу, где стал настоятелем Успенской церкви в Ольшанах и также возглавил «Братство для погребения православных русских граждан и для охраны их могил в Чехословакии». Отец Исаакий служил и в пражском соборе свт. Николая, вместе с прот. Михаилом Васнецовым – сыном знаменитого художника Виктора Васнецова.

После захвата Судетской области Германией распоряжением рейхсминистра церковных дел Г. Керла от 5 мая 1939 г. находившиеся ранее в юрисдикции митр. Евлогия, но не имевшие собственных приходов, русские приходы в Карлсбаде, Мариенбаде и Франценсбаде со всем их имуществом были переданы Берлинской и Германской епархии РПЦЗ. Возглавлявший эту епархию архиеп. Серафим (Ляде) рукоположил 28 мая 1939 г. во священника Дионисия Ильина и 15 декабря назначил его настоятелем Мариенбадской церкви св. кн. Владимира (построенной в 1900-1902 гг. по проекту архитектора Н.В. Султанова) с поручением временно обслуживать также Карлсбадский и Франценсбадский храмы.

Через несколько месяцев после оккупации Чехии и образования на ее территории Протектората Богемии и Моравии между еп. Сергием (Королевым) и архиеп. Серафимом (Ляде) было заключено компромиссное соглашение от 3 ноября 1939 г. Согласно его тексту три еще сохранившиеся евлогианских общины в Германии и две в протекторате (в Праге и Брно) подчинялись викарному епископу митр. Евлогия и в то же время входили в епархию РПЦЗ: «эти общины присоединяются к русской православной епархии епископа Берлинского и Германского, корпорации публичного права при соблюдении следующих целей: а) Их самостоятельность и их собственная церковная жизнь сохраняются; б) Их подчинение епископу Сергию продолжает существовать; в) Юрисдикциональная связь епископа Сергия и подчиняющегося ему духовенства и церковных общин с митрополитом Евлогием остается неприкосновенной». Владыка Серафим получил широкие права надзора за жизнью евлогианских приходов, которыми он, впрочем, почти не пользовался.

Это соглашение в дальнейшем сыграло большую роль, фактически прекратив преследование евлогиан в Германии и на некоторых захваченных ею территориях. После создания в мае 1942 г. Средне-Европейского митрополичьего округа РПЦЗ количество евлогианских приходов в нем выросло с 5 до 13 (6 в Бельгии, 3 в Германии, 2 в Чехии и 2 в Словакии), и все они вошли в округ на основе соглашения от 3 ноября 1939 г.

27 апреля 1941 г. в Праге состоялось юбилейное чествование Владыки Сергия по поводу 20-летия его епископской деятельности, объединившее всю русскую колонию. Следует отметить, что Пасхальные богослужения Владыки в 1941 г. передавались по пражскому радио. 14 июня 1942 г. епископ Бельский Сергий (он сохранял этот титул все довоенные и военные годы) участвовал в хиротонии в Воскресенском соборе Берлина епископа Филиппа (Гарднера).

После нападения Германии на СССР 22 июня 1941 г. Владыка Сергий вместе с архим. Исаакием начал служить молебны о даровании победы над фашизмом. Отец Исаакий присоединился к призыву проживавшего в США митрополита Вениамина (Федченкова) оказать поддержку русскому народу и призвал свою паству к участию в сборе пожертвований для русских. Он исповедовал скрывавшихся советских военнопленных (один из них написал об этом воспоминания). Как бывший кадровый офицер о. Исаакий публично с восхищением отмечал храбрость и мужество русских солдат, что было небезопасно в оккупированной Чехословакии.

Проживавшие в Праге духовные дети архимандрита позднее свидетельствовали, что ему было видение во сне: князь-мученик Вячеслав Чешский предсказал, что Россия победит в войне с Германией. Сам о. Исаакий так рассказывал о своем сне в годы войны: «Будто я нахожусь в храме святого Вита, молюсь у статуи святого Вячеслава. Слышу шорох и вижу, что статуя ожила, одежда цветная и говорит мне на «Вы»: Скажите своим друзьям, русским, и моим друзьям – чехам, что я упросил Бога пощадить славян, и они выйдут победителями из этой войны. Это – за то, что Вы усердно молитесь Богу и почитаете меня».

В условиях немецкой оккупации большинство русских организаций продолжали свою деятельность (при этом Народный университет переименовали в Русскую Академию), однако формально они были подчинены Управлению делами русских эмигрантов, где эмигрантам пришлось вставать на учет и получать регистрационные карточки. Оккупационные власти строжайше запретили оказывать какую-либо помощь советским военнопленным, что впрочем многие русские эмигранты делали вопреки запретам.

Во время уничтожения осенью 1942 г. чешских православных общин русские приходы, вероятно благодаря заступничеству митр. Серафима, были спасены от ликвидации. Отдельные репрессии все же происходили. Так 3 ноября в связи с убийством Гейдриха был арестован гестапо настоятель Мариенбадской церкви о. Дионисий Ильин, его отправили в концлагерь Маутхаузен, а затем 1 декабря 1944 г. перевели в концлагерь Дахау. Однако храм в Мариенбаде не закрыли, его настоятелем был назначен бывший секретарь Владыки Серафима архимандрит Гермоген (Кивачук). В Карлсбадскую церковь свв. Петра и Павла (построенную в 1893-1898 гг.) вместо умершего священника Ножина митр. Серафим в августе 1942 г. назначил настоятелем священника Аркадия Моисеева.

Русские церкви в Праге не только не были закрыты, но и в одной из них – Успенской в Ольшанах активно продолжалась начатая весной 1941 г. роспись стен фресками группой русских художников под руководством Т.В. Косинской по эскизам знаменитого художника Ивана Билибина. В октябре 1942 г. епископ Сергий (Королев) обратился к верующим Средне-Европейского митрополичьего округа с воззванием, призывающим жертвовать на роспись храма.

Один из чешских православных священников позднее вспоминал: «В 1943 году, когда я был настоящим пленником у немцев после закрытия чешской церкви, проездом через Прагу навестил Ольшанскую церковь и исповедался у о. архимандрита Исаакия. Жалел я, главным образом, о том, что в то время не мог совершать богослужения. И он мне безбоязненно для того времени сказал, чтобы я был спокоен, что немцы войну проиграют, и что церковь будет восстановлена, что и исполнилось. Также имею сведения, что в продолжение своей деятельности в Чехии о. архимандриту удалось приобрести для Православия тысячи верующих членов. Был он весьма любимым человеком…».

В 1944 г. при русских храмах в Судетах поселилось несколько групп православных архиереев и сопровождавших их лиц, эвакуированных с оккупированной территории СССР и из Югославии. Первоначально – 15 августа в г. Франценсбаде поселились архиереи Белорусской Православной Церкви: митрополит Минский Пантелеимон (Рожновский), архиепископ Белостокский и Гродненский Венедикт (Бобковский), архиепископ Могилевский и Мстиславский Филофей (Нарко), епископ Смоленский Стефан (Севбо) и епископ Витебский Афанасий (Мартос). Они стали служить в местной русской церкви св. кн. Ольги (построенной в 1889 г.).

Еще два белорусских архиерея с сопровождавшим их духовенством были во второй половине августа размещены в Мариенбаде: митрополит Полесский Александр (Иноземцев) и архиепископ Полесский и Брестский Иоанн (Лавриненко). При этом Владыка Александр подарил местной церкви св. кн. Владимира икону Спасителя в позолоченных и платиновых ризах.

Следует отметить, что митрополит Александр ранее принадлежал к неканоничной автокефальной Украинской Православной Церкви и лишь в 20-х числах августа 1944 г. в письме митрополиту Берлинскому и Германскому Серафиму (Ляде) отрекся от нее. 23 января 1945 г. Владыка Александр в письме первоиерарху РПЦЗ митрополиту Анастасию просил воспретить архиепископу Иоанну носить якобы неканоничный титул Полесский и Брестский, однако эта просьба удовлетворена не была.

В Карлсбад в ноябре 1944 г. из Белграда через Вену эвакуировался Архиерейский Синод РПЦЗ во главе с митр. Анастасием (Грибановским). Здесь 24 февраля 1945 г. скоропостижно скончался и 27 февраля был похоронен на городском кладбище бывший архиепископ Берлинский и Германский на покое Владыка Тихон (Лященко). Вскоре в Карлсбад переехал из Торгау и митрополит Серафим (Ляде). Привезенная из Белграда главная святыня русского зарубежья – чудотворная Курская икона Божией Матери несколько месяцев находилась в карлсбадской церкви свв. Петра и Павла. С 1943 г. в Судетах находилось значительное количество восточных рабочих (остарбайтеров), насильственно завезенных из оккупированных областей СССР. Несмотря на запреты, остарбайтеры посещали богослужения в русских храмах. Пытаясь помешать этому, Гиммлер в начале 1945 г. назначил окормлять восточных рабочих в Судетах старого агента СД епископа автокефальной Украинской Церкви Мстислава (Скрыпника), но тот не успел приступить к исполнению данной функции.

В связи с приближением советских войск 15 апреля 1944 г. митр. Анастасий с келейником, а затем и другие архиереи РПЦЗ вместе со служащими Синода выехали в Баварию. Туда же переселились и все иерархи Белорусской Православной Церкви. Однако некоторые вывезенные немцами с оккупированных территорий СССР в Чехию архиереи дождались прихода советских войск.

В июле 1944 г. в чешский г. Верниград (Судеты) был эвакуирован из Каунаса управляющий Прибалтийским экзархатом Московской Патриархии архиепископ Ковенский Даниил (Юзвьюк) в сопровождении настоятеля Каунасского собора прот. Герасима Шореца и еще нескольких клириков. В конца октября большая группа священнослужителей Прибалтийского экзархата, в том числе епископ Рижский Иоанн (Гарклавс) с чудотворной Тихвинской иконой Божией Матери, были перевезены немцами из Лиепаи в чешский г. Яблонец (Судеты). Вскоре с ними в Яблонце стал проживать и архиеп. Даниил (Юзвьюк).

После прихода советских войск в середине мая 1945 г. оба архиерея от имени всего подведомственного им в Яблонце духовенства написали письмо Патриарху Алексию с просьбой оказать содействие в возвращении в СССР. Это письмо было передано в советскую военную комендатуру, но ответа от Патриарха не последовало. В результате, среди священников начались колебания о целесообразности возвращения на Родину, вызванные опасением репрессий, и в середине августа 1945 г. часть проживавших в Яблонце священнослужителей во главе с епископом Иоанном, захватившим с собой Тихвинскую икону, бежала в Мюнхен, в американскую зону оккупации Германии.

Узнав о побеге, советское посольство в Чехословакии предприняло попытку вернуть беглецов и икону. В октябре 1945 г. оставшийся в Яблонце прот. Петр Кудринский по распоряжению приехавшего из Москвы архиепископа Фотия и с санкции посольства был послан в Мюнхен с целью убедить возглавлявшего Русскую Православную Церковь за границей митрополита Анастасия перейти в юрисдикцию Московской Патриархии, а также «убедить епископа Иоанна Гарклавса возвратиться на Родину и забрать Тихвинскую чудотворную икону Божией Матери». Трижды пытался о. Петр выехать в американскую зону оккупации через различные пропускные пункты, но везде получал отказ со стороны американцев, о чем доложил в письменном виде Патриарху Алексию (Тихвинская икона вернулась в Россию только в 2004 г.).

Владыка Даниил (Юзвьюк) остался в Чехии, 19 декабря 1945 г. восстановил общение с Московским Патриархатом и через две недели - 30 декабря был назначен архиепископом Пинским и Брестским. В дальнейшем он подвергался аресту и в 1949-1955 гг. находился в заключении. В 1949 г. были арестованы и осуждены прот. Петр Кудринский и ряд других оставшихся в Чехии священнослужителей Прибалтийского экзархата. Однако некоторые из них избежали репрессий. Так эвакуированный из Лиепаи протодиакон Михаил Яковлев с конца 1945 г. служил в Праге при еп. Сергии (Королеве), а с 9 июля 1946 г. – в Успенской церкви в Ольшанах. Лишь в 1952 г. он вернулся в СССР.

После прихода советских войск все три русские церкви в Судетах остались действующими. В Марианске Лазне 26 мая вернулся освобожденный из концлагеря свящ. Дионисий Ильин, замещавший же его архим. Гермоген (Кивачук) был арестован и несколько месяцев провел в чешской тюрьме (после освобождения он был запрещен в служении Архиерейским Синодом РПЦЗ и в дальнейшем, находясь в юрисдикции Константинопольского Патриархата, служил в Риме, где и скончался 10 января 2002 г.). В конце 1945 г. о. Дионисий перешел в юрисдикцию Московского Патриархата, в этом году община церкви св. кн. Владимира начала издавать приходской журнал «Голос православия». Однако 16 июня 1949 г. о. Д. Ильин перешел чешско-германскую границу и вновь был принят в юрисдикцию РПЦЗ.

После окончания войны в Судеты (после выселения немцев) были переселены из СССР (с Волыни) около 30 тыс. православных чехов. Именно они составили подавляющую часть прихожан, и с 1950-х гг. настоятелями русских храмов в Марианских и Франтишковых Лазнях стали служить чешские священники. Лишь при храме в Карловых Варах позднее было устроено патриаршее подворье Русской Православной Церкви, существующее и в настоящее время.

Накануне прихода советских войск в Прагу многие русские эмигранты, опасаясь репрессий, уехали на Запад. Верующие предлагали уехать и епископу Сергию (Королеву). Однако на все убеждения Владыка ответил: «Нет, я останусь здесь. Здесь моя паства». Вместе с епископом остались прот. М. Васнецов и архим. Исаакий (Виноградов). Отец Исаакий в январе 1944 г. был избран главным священником Русского общевоинского союза (РОВСа), членом которого как бывший белый офицер состоял с 1927 г., но и он отказался от предложения руководства союза уехать на Запад.

К маю 1945 г. православный собор свт. Николая на Староместской пл. был так сильно поврежден бомбежками, что служить в нем оказалось невозможно. Поэтому Пасхальную службу 6 мая совершили в домовой церкви Николаевского подворья, в условиях боев на улицах Праги крестный ход пришлось совершить по комнатам подворья. Спустя три дня в восставшую столицу Чехии вступили советские войска. Епископ Сергий и архимандрит Исаакий встретили их с хлебом-солью и отслужили благодарственный молебен в связи с одержанной победой над Германией.

В том же месяце о. Исаакий подал заявление о возвращении на Родину, но через два дня – 24 мая был арестован и скрытно вывезен во Львов, где 24 июля 1945 г. Военный трибунал приговорил его к 10 годам исправительно-трудовых лагерей. Архимандрита отправили отбывать срок в Казахстан, но уже 5 февраля 1946 г. приговор был изменен по ходатайству Патриарха Алексия и наместника Русской Православной Церкви в Праге епископа Сергия. После освобождения о. Исаакий в Чехословакию уже не вернулся и скончался в 1981 г. в г. Ельце.

Протоиерей М. Виноградов также подвергся аресту, однако остался в Праге и после освобождения некоторое время служил во временном храме Русского профессорского дома (собор свт. Николая после ремонта новые власти передали Чехословацкой Гуситской Церкви). Владыка Сергий подвергался допросам и даже кратковременному аресту, но более серьезных репрессий избежал и после перехода в юрисдикцию Московского Патриархата был возведен 17 апреля 1946 г. в сан архиепископа. 7 июня 1946 г. его назначили архиепископом Венским, и Владыка покинул Прагу. Скончался он в 1952 г. в Казани. После создания в 1946 г. Чехословацкого экзархата Московской Патриархии почти все русские приходы были включены в его состав.