Христианство же получило свое распространение в Египте в начале I века. В этой стране язычества проповедовали Слово Божие святые евангелисты Марк и Лука. Святой Марк, основав церковь в Александрии Египетской и будучи там епископом, принял мученический венец. Святой апостол и евангелист Лука также проповедовал учение Спасителя в Египте и Ливии, а в древней столице Египта Фивах он мученически окончил свой жизненный путь.

     В III веке по Рождестве Христовом Египет становится родиной христианского монашества. Так, преподобный Антоний Великий нес подвиги отшельнической жизни в египетской пустыне, а преподобный Пахомий является основателем общежительного образа жизни монашествующих и, основав монастырь близ Фиваиды, ввел в нем строгий монастырский устав. В зарослях дельты Нила, в песках пустыни, в пещерах скал селились отшельники-анахореты, неся телесные труды, очищая сердце от греховной скверны, созерцая Славу Господню, размышляя о величии Божием. Власти Римской империи периодически устраивали гонения на христиан. Преследования особенно усилились при Диоклетиане, и христиане назвали время его правления "эрой Диоклетиана" или "эрой мучеников". При равноапостольном Константине Великом (306-337) христиане получили свободу вероисповедания, приступив к созданию храмов и монастырей, особенно в Верхнем Египте.

     Все христианские храмы египетской столицы сосредоточены в районе старой крепости Вавилон, от которой сохранились до наших дней две полуразрушенные башни. Древнейшим христианским храмом египетской столицы является церковь свв. мучеников Сергия и Вакха, пострадавших за Христа в Восточной Сирии в царствование Максимиана. Церковь была построена в VI веке. Христиане Египта особенно почитают эту церковь и ее крипту - подземную часовню, находящуюся под алтарем храма, так как, согласно древнему церковному преданию, именно на этом месте останавливались Богоматерь с Младенцем Иисусом во время своего бегства в Египет из Вифлеема, спасаясь от преследования Ирода, замышлявшего погубить Богомладенца. Эта подземная церковь находится на десять метров ниже современного уровня улицы. Церковь свв. Сергия и Вакха типична для раннехристианских церквей и является трехнефной базиликой. Средняя часть храма или неф выше боковых, благодаря чему церковь освещается верхним светом. Нефы разделены двенадцатью колоннами с коринфскими капителями. Колонны, высеченные из белого мрамора, были перенесены сюда из римских языческих храмов. В центре храма имеется мраморный резервуар для освящения воды во время праздника Крещения Господня. В храме мраморные амвон и кафедра для проповедей. Длина храма 27 метров, ширина - 17 метров, высота - 15 метров. Позднее с северной и южной сторон храма были построены две колокольни в готическом стиле.

     Оригинальна по своей архитектуре церковь вмч. Георгия, представляющая собою однокупольный храм, типичный для византийского стиля. Он обнесен высокой кирпичной стеной с массивными входными воротами. С внешней стороны храма в нише имеется барельефное изображение вмч. Георгия на коне, поражающего дракона.

Заслуживает внимания и церковь Пресвятой Богородицы, известная под названием "висящая", так как ее западная и восточная стены воздвигнуты на двух бастионах старой римской крепости, а центральная часть храма оказалась как бы висящей между ними. Как у большинства раннехристианских церквей, фасад был позднее перестроен. Эта церковь очень пострадала в 830-849 гг., в период гонений на христиан в Египте, когда были разрушены многие христианские храмы. Раскопки, проводившиеся в 1960 году, выявили базиликовый план церкви.