Мировоззрение Ахундова складывалось под воздействием прогрессивных идей философии Ближнего Востока, а также русской философии и идей французских просветителей XVIII в.[18] В сатирические повести 1857 года «Обманутые звезды» Ахундов изобразил распад феодально-патриархальных отношений.[19] В философском трактате «Три письма индийского принца Кемал-уд-Довле к персидскому принцу Джалал-уд-Довле и ответ сего последнего», статьях «Джон Стюарт Милль о свободе», «Ответ философу Юму», «О человеческих потребностях» и др. Ахундов развивал просветительские и атеистические идеи. Написанные в 1864–1866 гг. «“Письма Кемал-уд-Довле” — одно из самых сильных атеистических произведений во всей восточной литературе. В нем впервые с большой силой и убедительностью, открыто и смело и с весьма радикальными политическими выводами дана критика восточного деспотизма и религии ислама. В то же время это одно из немногих произведений в Азербайджане и на Ближнем Востоке, в котором изложены основы материалистической философии»[20]. В 1828 г. в результате русско-персидской войны 1826–1828 годов был заключен Туркманчайский договор, по которому к России были присоединены Нахичеванское и Эриванское[21] ханства, то есть Азербайджан вошел в состав России. «Ахундов придавал огромное значение присоединению Азербайджана к России и понимал его прогрессивную роль. Слова мыслителя о том, что “под покровительством Российского государства мы обрели покой и нет теперь бесконечных войн, сопряженных с грабежами и неурядицами”[22], было бы наивно воспринимать как восхваление режима»[23].