Монастырь был основан в Вильне, столице Великого Литовского княжества в середине XIV в. при деревянной церкви во имя Святой Троицы, возведенной по инициативе Иулиании, княжны Тверской, супруги Великого князя Литовского Альгирдаса, на месте казни в 1347 г. виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия.

Точная дата основания монастыря неизвестна. Впервые виленские монахи, «чернцы» греко-русского исповедания, упоминаются в летописи, на которую ссылается виленский историк (см. С.Крашевский, Вильно, ч.3, стр.43, на польском языке), повествующей об осаде литовской столицы дружиной Великого князя Витаутаса (Витовта) в 1391 г. во время распрей между литовскими князьями. Возможно, эти «чернцы» и положили начало иноческому житию при Св.-Троицкой церкви.

В 1495 г. в виленском Успенском кафедральном соборе архимандрит Макарий, наместник Свято-Троицкого монастыря, был хиротонисан в сан митрополита Киевского (впоследствии прославлен как священномученик Макарий, митрополит Киевский). В то время Свято-Троицкий монастырь играл немалую роль в жизни митрополии. Об этом говорит тот факт, что среди участников Большого Виленского Собора, созванного тогдашним митрополитом Киевским Иосифом Солтаном и проходившим с 25 декабря 1508 г. по 18 января 1509 г., в числе семи архиандритов упомянут и архимандрит Свято-Троицкого монастыря Изосим (Зосима). Архимандритами обители были также Киевские митрополиты Иона II (1503–1506 гг.) и Сильвестр Белкевич (1556–1567 гг.).

В начале XVI в. стараниями известного поборника православия князя Константина Ивановича Острожского братия и прихожане монастыря получили Привилегию польского короля Сигизмунда I на постройку в обители нового каменного Троицкого храма на месте обветшавшего деревянного. На средства К. И. Острожского и был построен в 1514 г Троицкий собор с приделом в честь Сретения Господня. Когда в 1584 г. при монастыре было организовано Свято-Троицкое православное братство, братчикам выделили Сретенский придел храма для отправления богослужений, которые совершались не менее четырех раз в неделю. На свои средства Братство содержало священника и диакона, иноков обители. Посетивший Вильну в 1588 году Константинопольский Патриарх Иеремия 11 утвердил Устав Братства и дал ему права ставропигии, то есть принял под свое непосредственное подчинение.

После принятия Люблинской Унии (1569 г.) и Брестской Унии (1596 г.) позиции Православия в Великом Литовском княжестве существенно ослабли. Церковные должности покупались или произвольно распределялись по инициативе короля. В 1562 г. право на «подавание» в обители. получил виленский бурмистр (член виленского городского магистрата) Шумлянский, затем монастырем и его имениями управлял виленский радца (член виленского городского магистрата), весьма богатый человек, носивший звание литовского подскарбия, Сильвестр Белкевич, также не имея при этом духовного сана. Магистрат в силу магдебургского права, дарованного Вильне королем Польским и Великим Литовским князем Ягеллой в конце 14 века, состоял из двух лавиц (одну составляли радцы – числом 24 человека, другую –бурмистры, также 24 человека).

В 80-х годах ХУ1 века Св.-Троицкий монастырь со всем имуществом и землями вообще был передал в ведение виленского городского магистрата, а в 1596 г. король Сигизмунд III предписал виленской Раде не допускать выступавших против Унии членов братства в Троицкий монастырь, и братчики лишились возможности совершать службы в Сретенском приделе. По 1609 год в различных судах разбирались взаимные иски православных и униатов по вопросам управления монастырем. В 1597 г. наместник обители архимандрит Софроний отказался молиться за главу Литовской униатской митрополииМихаила Рогозу, сдал ключи и покинул обитель. Последний православный архимандрит Самуил (Сенчило) был удален из обители после того, как униатский митрополит Игнатий (Поцей) в августе 1608 г. назначает архимандритом монастыря Иосифа Рутского. Иосиф Рутский, питомец иезуитов, за свою жизнь успевший три раза поменять веру – православную на католическую и католическую на униатскую, прошел подготовку в Риме. По мысли митрополита Игнатия (Поцея) Иосиф Рутский должен был выступить в роли преобразователя униатского монашества по образцу латинского иезуитского ордена.

13 августа 1608 г. архимандрит Самуил вместе с виленскими православными приходскими священниками обратился к собранию бурмистров и радцев русской лавицы (общины) с жалобой на действия униатской митрополии. За незаконное обращение к светскому суду правящий униатский митрополит Игнатий приговорил его к лишению сана и отлучению от Церкви. Архимандрит Самуил обратился к виленскому православному братству с просьбой принять его в число братчиков. На общем собрании 30 ноября 1608 г. при Свято--Духовской церкви виленские приходские священники вместе с духовными и светскими лицами Братства постановили отречься архимандриту Сенчиле от повиновения униатскому митрополиту и продолжать настоятельство в Свято-Троицком нонастыре. Это решение собравшиеся скрепили присягой на Евангелии.

Последующие полгода отмечены стихийными стычками между православными и униатами, взаимными исками, направленными в суды разных инстанций. В конце июля 1609 г. в Вильне состоялось выездное заседание суда при королевском дворе. Решением этой высшей судебной инстанции Речи Посполитой виленские православные братчики были оштрафованы на 10 тыс. злотых, а архимандриту Самуилу Сенчиле предписывалось покинуть приделы государства. Виленские братчики — члены городского магистрата Иван Тупека и Исаак Конопович, признанные виновными в бунте и оскорблении короля, были лишены высоких должностей с дальнейшим запретом заниматься общественной деятельностью.

В августе 1609 г. Свято-Троицкий монастырь окончательно перешел под власть униатов, в его ведение передали и все приходские православные церкви литовской столицы. Униатский наместник обители Иосиф Рутский, а затем и его преемник архимандрит. Иосафат Кунцевич преобразовали обитель по образцу латинских монашенских орденов. Городской магистрат, состоявший теперь только из католиков и униатов, вынес постановление, что каждый желающий вступить в купеческие братства или ремесленные цеха, должен сходить перед этим на исповедь в Свято-Троицкий храм и принести заверенное там удостоверение о принадлежности к Унии. Инициатором такого решения магистрата был архимандрит Иосафат Кунцевич, который лично ревностно следил, чтобы оно неукоснительно выполнялось. А ведь по магдебургскому праву удаление ремесленника из цеха лишало его возможности заниматься профессиональной деятельностью. Отсутствие такой возможности по существу лишало человека и права на существование.

В 1616 г., когда был утвержден униатский базилианский орден, которому теперь стал принадлежать монастырь. Базилианское монашество освободилось от власти епархиальных архиереев и составило единую корпорацию, во главе которой стояло духовное лицо в сане протоархимандрита. К середине XVII в. монастырь стал опорой всего ордена базилианцев, его насельников направляли в другие монастыри, одновременно сохраняя освободившиеся штатные должности виленской обители. Базилинаских иноков в столице Литвы в то время числилось более человек. Свято-Троицкий монастырь превратился в богатейшую обитель, стал обладателем крупной недвижимости и огромных земельных наделов, отписанных дворянами, мещанами, купцами. Среди жертвователей был и сам Иосиф Рутский, возведенный в сан униатского митрополита в 1613 году. Он отписал монастырю свое родовое имение в Новогрудском воеводстве. В 30-е годы XVIII в. монастырь получил имения от князя Матфея Головчинского.

Более двухсот лет Свято-Троицкий монастырь был во власти униатов, в том числе и более сорока лет в тот период, когда Виленская губерния уже входила в состав Российской империи, но еще не была учреждена Литовская православная епархия. В период польского восстания в 1831г. и позднее свято-троицкая братия проповедовала взгляды, идущие вразрез с политикой российских властей. Кроме того, предметом публичного обсуждения стал сомнительный, невысокий нравственный уровень монахов-базилианцев. После ревизии по благословению униатского епископа Иосифа Семашко, проведенной в виленском монастыре кафедральным протоиереем Антонием Зубко в 1836 г., монастырь предполагалось закрыть. Министр внутренних дел России передал владыке Иосифу Семашко секретное дело о виленских базилианцах. В ответной записке 18 февр. 1837 г. епископ писал, словно предвидя, что в конце концов произойдет воссоединение униатов с православием: «...не стоит истреблять хотя бы и базилианских памятников.., Виленский базилианский монастырь мог бы быть впоследствии орудием восстановления здесь древнего православия».

В 1845 г. Свято-Троицкий монастырь был возобновлен как православный. Он был причислен к З-му классу со штатными насельниками: настоятелем-архимандритом, 5 иеромонахами, 2 иеродиаконами, 1 монахом и 4 послушниками. Первым настоятелем возобновленной православной обители стал архимандрит Евсевий (Ильинский), впоследствии архиепископ Тверской. На содержание монастыря из российской казны отпускалось по 1840 рублей ежегодно, он. владел 25 десятинами земли в Вильне, а также собственностью упраздненной Трокской (Тракайской) униатской архимандрии с озерами и фермами. По оброчным статьям и от сдачи в аренду своих земель монастырь получал по 1500–2000 руб. ежегодно.

С XVII века, при униатах, в монастыре велось каменное строительство, были возведены колокольня, три часовни, пристроенные к зданию храма: во имя св. евангелиста Луки, в честь Воздвижения Креста Господня и в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, появились и Святые ворота. После пожара в 1760 г. по проекту архитектора Глаубица к главному жилому комплексу был пристроен трехэтажный флигель, капитально реконструировано церковное здание. К нач. XIX в. Троицкий храм по своему внешнему виду и внутреннему убранству был похож на католический костел с главным престолом и 6 алтарями. Перед престолом находился переносной иконостас...

В 1852 г. по благословению владыки Иосифа Семашко в храме был устроен придел во имя св. апостола Иоанна Богослова на средства (1500 р.), пожертвованные почетным гражданином Иркутска Е. Кузнецовым, церковь украсилась новым иконостасом, иконы для которого написал академик И. Хруцкий. В 1869 г. по проекту епархиального архитектора Н. Чагина соборную церковь увенчал деревянный купол, возникли 2 каменные западные боковые башни, а в 1884 г. был проведен внутренний ремонт.

С августа 1845 г. на территории монастыря разместилась Литовская духовная семинария, переведенная из Жировиц. Ректором являлся архимандрит монастыря. В Свято-Троицком храме регулярно совершались архиерейские богослужения, даже в будничных службах участвовало 2 клироса — монашествующих и семинаристов. В актовом зале семинарии проходили епархиальные собрания, общегородские торжественные заседания, приуроченные к памятным датам, общие собрания виленского Свято -Духовского братства.

В 1915 г., во время 1 мировой войны насельники обители были эвакуированы и распределены по нескольким монастырям России. До ноября 1919 г. богослужения в Троицкой церкви не совершались. С 8 ноября 1919 г. в больничном корпусе Духовской семинарии разместились вернувшиеся из эвакуации сестры виленского во имя Марии Магдалины женского монастыря. Троицкий храм перешел к Мариинской женской обители, богослужения в нем совершал виленский клир.

Святые ворота Троицкого монастыря.

9 дек. 1937 г. по распоряжению Варшавского митрополита Дионисия (Валединского) – Виленский край тогда входил в состав Польши – Марие-Магдалинский монастырь был устроен при виленском Александро-Невском храме. Троицкий храм был закрыт и богослужения в нем с тех пор не возобновлялись. В 1991 г. власти Литовской Республики передали Свято- Троицкую церковь униатской конгрегации. В этом здании сейчас действует униатская церковь. св. Василия Великого. Помещения бывшей Литовской духовной семинарии, располагавшиеся на территории монастыря, сейчас используются для нецерковных целей.

С 1715 г. в Троицком храме находилась чудотворная Виленская икона Божией Матери, перенесенная из виленского Успенского собора после пожара. В описи 1781 г. сказано (перевод с польск.): «Образ Божией Матери, как гласит предание, писан рукою св. Луки». На нем риза серебряная с цветами позолоченными... Корона на Пресвятой Дееы из чистого золота филигранной работы. У шеи Божией Матери жемчужных шнурков больших и меньших — 55. Цепочка из чистого золота. У шеи Божией Матери, на красной ленточке семь рядов бисера. На главе Иисуса Христа серебряная корона с 3 камнями. На шее — 33 шнурка бисера».

После возвращения монастыря православным, икона в 1866 году была отреставрирована. Академик В. Васильев очистил образ до первого слоя — слоя на яичной основе, что несомненно свидетельствовало о древнем происхождении иконы. А золотых дел мастер из Петербурга А. Соколов исправил ризу, перечеканил ее и заново перезолотил. Святыня находилась в Троицком храме до августа 1915 г., когда в ходе мировой войны при эвакуации церковного имущества ее вывезли из Вильны. Местонахождение Виленской иконы Божией Матери в настоящее время неизвестно.