Достоверных сведений о происхождении Меншикова нет (приводящиеся в большинстве справочников точные даты рождения, чаще всего 6 ноября 1673 по старому стилю, также не подтверждаются точно документами). При его жизни существовали полуофициальные версии о том, что его отец принадлежал к литовскому дворянству и, попав в русский плен, служил сперва царю Алексею Михайловичу, а затем Федору Алексеевичу, который сделал его придворным конюхом. Утверждалось также, что отец Меншикова участвовал в раскрытии заговора Ф. Л. Шакловитого. По другой версии род Меншиковых был еще более древним и его предки пришли на Русь вместе с Рюриком. Однако уже современники не сомневались в его «подлом» происхождении. Наиболее достоверным считается утверждение, что отец Меншикова имел небольшую лавку по продаже пирожков, которые и разносил его сын. Возможно также, что Данила Меншиков действительно служил в царских конюшнях, а сына пристроил к пирожнику. Подобное происхождение, а также род занятий Меншикова в детстве исключали возможность получения им образования: он умел подписываться, но вряд ли мог писать. Неизвестно также, умел ли он читать. Однако несомненно, что Меншиков был человеком способным, обладал острым умом и крепкой памятью, проявил себя талантливым администратором и храбрым военным. Его карьера началась со вступления в петровскую потешную роту, а вскоре он стал денщиком царя. В этом качестве он, по-видимому, принимал участие в событиях 1689, связанных с отстранением от власти царевны Софьи, ездил вместе с царем в Переславль-Залесский и в Архангельск, участвовал в Азовских походах. В 1697-1698 Меншиков в качестве волонтера принимал участие в Великом посольстве, вместе с царем работал на Саардамской верфи, присутствовал на дипломатических церемониях.

По возвращении в Россию Меншиков принял активное участие в следствии по стрелецкому бунту и позднее хвастался, что отрубил головы 20 стрельцам. К этому времени он стал доверенным лицом царя, повсюду сопровождал его, занимался устройством быта Петра. В 1700 он получил первое земельное пожалование, к 1702 уже имел должность гофмейстера царевича Алексея Петровича, а осенью этого же года отличился при взятии Нотебурга (Шлиссельбурга) и был назначен комендантом крепости с поручением создать в Карелии металлургические заводы и найти место для основания корабельной верфи на Балтике, с чем Меншиков успешно справился. За участие в сражении с эскадрой адмирала Нумерса в мае 1703, в котором он командовал одним из двух отрядов, Меншиков был награжден орденом Андрея Первозванного, а после основания Петербурга стал первым губернатором будущей столицы. Под его руководством осуществлялось строительство города. В 1704 Меншиков отличился при взятии Нарвы, успешно оборонял Петербург, за что пожалован чином генерал-поручика. В 1705 он командовал русской кавалерией в Польше и был награжден польским королем орденом Белого Орла, в 1706 получил титул князя Священной Римской империи. Позднее Меншиков выиграл Калишское сражение, участвовал в битвах при Добром и Лесной, захватил ставку Мазепы Батурин, командовал кавалерией в Полтавской битве, принял капитуляцию шведов под Переволочной. По окончании военной кампании 1709 Меншиков был пожалован чином фельдмаршала и огромными земельными владениями, став одним из самых богатых людей России. В 1712-13 Меншиков командовал русскими войсками в Померании и руководил взятием Штеттина. В последующие годы участия в военных действиях он не принимал ввиду ухудшегося состояния здоровья (хроническая болезнь легких).

На всех должностях, на которые назначал его Петр, Меншиков проявлял себя человеком талантливым, энергичным, инициативным, смелым и настойчивым. Он в точности выполнял приказы царя и зарекомендовал себя его верным и убежденным сторонником. В окружении царя Меншиков был наиболее близким ему человеком; письма к нему Петра отличались особой сердечностью. Существует предположение, что между ними была интимная связь. Близость Меншикова к царю усилилась после 1702, когда он познакомил Петра с Мартой Скавронской, ставшей позднее императрицей Екатериной I и защищавшей перед царем его интересы. Получавший от царя все возможные награды и титулы, Меншиков отличался при этом непомерным тщеславием и корыстолюбием. Он не упускал ни одной возможности для личного обогащения, не брезговал взятками и казнокрадством. В отношениях с подчиненными Меншиков бывал резок и высокомерен. Так, считается, что именно его неосторожное поведение спровоцировало на измену украинского гетмана Мазепу. Начиная с 1711 царь стал получать сведения о злоупотреблениях Меншикова, однако на их взаимоотношениях это стало сказываться лишь несколько лет спустя. Князь оставался одним из ближайших сотрудников Петра: в 1718 он принимал участие в следствии и суде над царевичем Алексеем, был воспитателем царевича Петра Петровича. Но еще в 1714 Меншиков был одним из подследственных по делу о злоупотреблениях по различным подрядам и на него был наложен штраф примерно в полтора миллиона рублей. В 1717 началось так называемое Почепское дело, связанное с обвинением Меншикова в захвате чужих земель и закрепощении украинских казаков, ставшее предметом разбирательства в Сенате и специальных комиссиях и подорвавшее кредит его доверия у царя. Однако до полного разрыва дело не дошло: Петр снисходительно относился к проступкам своего любимца и в 1720 сделал его президентом Военной коллегии. Однако следствие над Меншиковым продолжалось вплоть до смерти царя.

Несколько лет после смерти его покровителя стали для Меншикова временем взлета к вершинам могущества и стремительного падения. В январе 1725 он принял активное участие в решении судьбы престола и фактически именно его стараниями на трон была возведена Екатерина I. С этого момента он стал фактически первым лицом в государстве, выступил инициатором создания Верховного тайного совета и стал фактически его руководителем. Меншиков вернул себе потерянную в 1723 должность президента Военной коллегии, претендовал на трон герцога Курляндского и собирался выдать дочь замуж за царевича Петра Алексеевича, для чего в мае 1727 добился от умирающей императрицы подписания завещания в его пользу, а также ареста противников этого плана — А. И. Дивиера, П. А. Толстого и их единомышленников.

По воцарении Петра II Меншиков был произведен в генералиссимусы и полные адмиралы, было объявлено о помолвке императора с Марией Меншиковой. Однако вскоре он заболел и упустил из своих рук контроль над императором, который тяготился опекой будущего тестя; к тому же императору нравилась его тетка Елизавета, а сама Мария также была влюблена в другого. Ситуацией воспользовались представители старых аристократических родов, с которыми Меншиков пытался примириться, Голицыны и Долгорукие.

В сентябре 1727 Меншикову был объявлен сперва домашний арест, а затем ссылка в Раненбург, однако вскоре над ним было учинено новое следствие и весной 1728, лишенный всех чинов и имущества, в сопровождении лишь нескольких слуг он был сослан в Березов. Здесь на руках у Меншикова умерла дочь, а вскоре скончался и он сам.